Institut Agama Islam Negeri (IAIN) Pontianak tahun akademik 2016-2017 menerima mahasiswa baru dengan tiga jalur. Pertama, melalui jalur Seleksi Prestasi Akademik Nasional Perguruan Tinggi Keagamaan Islam Negeri (SPAN-PTKIN). Jalur ini mulai menerima pendaftaran mulai tanggal 9 Maret s.d 30 April 2016. SPAN-PTKIN merupakan seleksi nasional berdasarkan penjaringan prestasi akademik dengan menggunakan nilai raport dan prestasi lain, tanpa ujian tertulis. Pendaftaran melalui jalur SPAN-PTKIN ini tidak dipungut biaya (gratis). Pendaftaran dilakukan secara online melalui www.span-ptkin.ac.id.
Kedua, melalui jalur Ujian Masuk (UM-PTKIN). Jalur ini dibuka pendafataran mulai tanggal 1 Mei-3 Juni 2016. Calon peserta membayar Rp. 150.000 (seratus lima puluh ribu rupiah) di Bank BNI (dapat melalui teller BNI, SMS Bankin, ATM BNI atau keagenan BNI. Biaya seleksi yang sudah dibayar tidak dapat ditarik kembali. Pendaftaran dijalur ini juga secara online dengan mengisi biodata peserta hingga mencetak Kartu Tanda Peserta serta pengumuman kelulusan di laman: http//um-ptkin.ac.id
Ketiga, jalur Seleksi Penerimaan Mahasiswa Baru (SPMB) Lokal. Pendaftaran mulai dibuka pada 11 Juli 2016 s.d 29 Juli 2016. Calon mahasiswa langsung mendaftar di Sub. Bagian Akademik dan Kemahasiswaan Gedung Biro AUAK IAIN Pontianak. Pendaftaran jalur ini dengan membayar Rp. 150.000 (seratus lima puluh ribu rupiah).
Rektor IAIN Pontianak, Dr. H. Hamka Siregar, M.Ag mengatakan, “Sejak berubah status, jumlah pendaftaran calon mahasiswa IAIN Pontianak mengalami peningkatan yang luar biasa. IAIN Pontianak memiliki banyak pilihan jurusan sesuai dengan kebutuhan. Syukur Alhamdulillah tahun 2016 ini sudah ada gedung kuliah baru yang terdiri dari 46 ruang kelas yang representatif dan kondusif untuk memudahkan dan memberikan kenyamanan dalam proses belajar mengajar. Selain itu di IAIN Pontianak banjir beasiswa IAIN Pontianak adalah pilihan yang tepat untuk kehidupan masa depan yang lebih baik.” ujarnya.
