Misi dari IAIN Pontianak, “(1.) Menyelenggarakan pendidikan tinggi yang ulung dalam kajian keilmuan, keislaman dan kebudayaan Borneo. (2.) Membentuk akademisi yang berakhlak mulia, mandiri, dan bermanfaat bagi bangsa dan kemanusiaan. (3) Mengembangkan kajian keilmuan, Keislaman, dan kebudayaan borneo dengan basis riset. (4) Meningkatkan peran pengabdian dalam upaya menyelesaikan persoalan kemasyarakatan. (5) Memperkuat dan memperluas jaringan kerjasama insitusional dalam upaya mengembangkan dan melestarikan temuan ilmu pengetahuan, teknologi dan/atau seni keagamaan Islam Borneo.”
Rektor IAIN Pontianak, yang juga merupakan dosen tafsir mengutarakan, “Kami ingin membentuk akademisi yang turut membangun akhlak mulia di masyarakat. Turut menjadikan masyarakat mandiri, dengan cara tidak bergantung kepada negara untuk mendapatkan pekerjaan,” papar beliau bersemangat.